GenePlaza, le 30 Avril, 2018
Première mondiale chez GenePlaza
Où vivaient vos ancêtres il y a 8.000 ans?
L’application de GenePlaza “K14 Ancient Cultures Admixture” va vous donner la réponse!
Nous sommes très fier chez GenePlaza d’avoir la première application génétique mondiale qui reprend les génomes d’ancêtres du néolithique découverts récemment.
Il s’agit de découvertes fabuleuses, regroupées par Mr Khan au sein d’une même application et permettent d’avoir une compréhension unique de nos origines ancestrales jusqu’à 8.000 ans et ce en incorporant ces dernières découvertes.
Le calculateur ADMIXTURE parcoure votre génome et le compare aux cultures très anciennes d’Europe, d’Afrique et d’Asie Centrale et du Sud.
Mr Khan a dit a propos de sa dernière application K14:
“Ces nouveaux génomes récemment découverts ajoutent à notre compréhension de la démographie des populations d’Europe, d’Afrique et d’Asie. Donc nous pensons qu’il s’agit de l’application sur les origines ancestrale actuellement disponible la plus à jour existant à l’heure actuelle.“
La différence principale avec l’application développée par Mr Khan “Ancient Admixture” est le fait que ce calculateur K14 divise les origines ancestrales en de plus anciens groupes néolithiques.
Comment recevoir cette étude avec votre propre génome?
- Vous n’avez pas votre propre ADN
- Vous avez votre ADN
Une revue rapide de l’application “K14 Ancient Cultures Admixture”
Ces génomes de haute qualité ont apporté beaucoup à notre compréhension de la population démographique en Europe, en Asie et en Afrique. L’algorithme utilisé est détaillé sur le site du créateur; Eurasian DNA.
LE “K14 ANCIENT CULTURES” CALCULATEUR
La motivation derrière ce calculateur provient de la publication d’une douzaine de génomes anciens de haute qualité voir “Mathieson et al., 2018”; “The Genomic History Of Southeastern Europe and in Olalde et al., 2017” et “The Beaker Phenomenon And The Genomic Transformation Of Northwest Europe”, et dans Narasimhan et al., 2018,” “The Genomic Formation of South and Central Asia.”
Pour augmenter la qualité des résultats et l’analyse des variants communs entre notre ADN et les différentes populations de références, seulement les génomes ayant les plus hauts taux de bivalence ont été choisis pour valider les fréquences allèles.
Ce calculateur reprend les génomes anciens disponibles dans les différentes études et permet de représenter les différentes cultures anciennes: Néolithique, Chalcolithiques, Âge de Bronze qui s’étendaient de l’Ouest de l’Europe jusqu’au centre de l’Asie et la Sibérie, et qui ont contribué à la création des gênes de base des différentes populations modernes résidant en Europe et en Asie.
Voici une carte des différentes cultures anciennes existant jusqu’il y a 8.000 ans
La population “Beaker”, dont la traduction littérale est “pot”, est connue pour ses potteries. La culture s’est répandue à travers l’Europe sans doute à partir de la péninsule ibérique jusqu’à la Pologne il y a environ 4700 ans et cette population a existé jusqu’il y à 3800 ans. Cette population semble avoir remplacé la culture “Corded Ware” qui était établie avant leur arrivée dans l’Est de l’Europe.
Avant l’expansion de la culture “Beaker“, la Grande-Bretagne était occupée par les “fermiers Néolithiques” anglais (British Neolithic farmers) qui étaient très proches génétiquement des fermiers Néolithiques Ibériques, suggérant un mouvement vers la Grande-Bretagne depuis l’ouest de l’Europe plutôt que depuis l’Allemagne. Les fermiers Néolithiques du Sud Est de l’Europe et d’Allemagne sont plus que probablement des ancêtres aux fermiers Ibériques et anglais Néolithiques, ceux-ci étant éteint après l’arrivée des Chasseurs occidentaux (Western-European Hunter-Gatherers (WHG) ). Les WHG sont les occupants lors d’une longue période de l’Europe avant l’arrivée des fermiers Néolithiques (Neolithic farmers ) du proche Orient il y a environ 8.000 ans.
Les Western-European Hunter-Gatherers (WHG) ont occupé l’Europe pour quelques millénaires depuis le Paléolithique supérieur et semblent avoir survécus sans mélange génétique jusqu’il y a 7800 ans en Serbie et en Roumanie sous la forme des “Iron Gates HG“. Par la suite, ils ont été absorbés par la culture des fermiers Néolithiques qui s’est répandue depuis l’Anatolie jusqu’en Europe, il y a environ 8.000 ans.
Le deuxième mouvement majeur de population en Europe est venu des Steppes Eurasiennes (Russie) vers l’Est au moment de l’âge de Bronze. Les populations des steppes Eurasiennes (Eurasien Steppe folks) sont elles-mêmes issues de cultures comme Yamna, Srubna et Andronovo et il est fort probable que c’est comme cela que les langues Indo-Européennes ont été introduites en Europe. Les européens actuels sont principalement issus de trois sources principales: WHG, “Neolithic farmers” du proche Orient, et des éleveurs des steppes Eurasiennes “Eurasian steppe pastoralists” , dans des proportions variées. Les gênes des éleveurs des steppes Eurasiennes, “Eurasian steppe pastoralists“, comprennent des gênes des chasseurs Européens, “European Hunter-Gatherers (EHG)”, des chasseurs du Caucase, “Caucasus Hunter-Gatherers (CHG)”, et des fermiers Iraniens du Néolithique “Iranian Neolithic farmer”.
Il y a aussi des contributions mineures au paysage génétique Européen provenant d’Afrique, du Sud-Ouest d’Asie, principalement dans le Sud de l’Europe et d’Asie de l’Est et de Sibérie qui sont plus que probablement arrivée par les populations liées à l’Age de Bronze et à la culture Karasuk à travers les Uralic, Scythians et les différents groupes Turcs.
Voici la liste des cultures anciennes dont nous parlons dans cette application
Ici, nous utilisons aussi pour la première fois, les génomes anciens de “Turan” (actuellement l’Iran, l’Afghanistan, l’uzbekistan, le Turkmenistan et le Tajikistan), les “Indus Valley” (Pakistan actuel), et de nombreuses cultures dans le Kazakhstan et ses environs, qui sont supposées avoir introduit les langues Indo-Européennes dans la région. Les origines de la Steppe Eurasienne lient génétiquement l’Europe et l’Asie du Sud avec l’âge de Bronze. Les populations actuelles du Sud et de l’Ouest de l’Asie doivent leur existence à ces anciennes populations.
Résumé de l’article de Narasimhan et al. 2018 pre-print
Nos données révèlent un ensemble complexe de sources génétiques qui se sont combinées pour former les origines des populations d’Asie du Sud de ce jour. Nous documentons une évolution vers le Sud des origines ancestrales génétiques commencée à partir des Steppes Eurasiennes “Eurasian Steppe” et corrélées avec l’expansion connue des sites d’éleveurs depuis les Steppe de Turan au milieu de l’âge de Bronze (2300-1500 BCE). Ces populations des Steppes se sont mixées génétiquement avec les populations du “Bactria Margiana Archaeological Complex (BMAC)” qu’ils ont rencontré à Turan (à la base les premiers descendants des agriculteurs en Iran) par la suite.
Les populations des Steppes se sont intégrées plus au sud à travers le deuxième Millénaire avant JC, et nous voyons qu’elles se sont mélangées avec une population du Sud que nous documentons à différents sites avec des individus particuliers montrant un mélange distinctif d’origines liées à des agriculteurs Iraniens “Iranian agriculturalists” et à des chasseurs d’Asie du Sud “South Asian hunter-gathers”. Nous appelons ce groupe “Indus Periphery ” car ces populations ont été trouvées en contact avec les cultures “Indus Valley Civilization (IVC)”, à la frontière Nord de cette population, et aussi parce qu’ils sont génétiquement semblables aux groupes “post-IVC” dans la “Swat Valley” du Pakistan.
En co-analysant les anciens codes génétiques et les données génomiques de diverses populations actuelles d’Asie du Sud, nous montrons que les populations liées à “Indus Periphery” sont la source génétique la plus importante en Asie du Sud – hypothèse cohérente avec l’idée que les populations “Indus Periphery” nous fournissent la première possibilité d’analyse des populations ancestrales de IVC – et nous développons actuellement un modèle pour la formation de groupes d’Asie du Sud proches au niveau temporel et au niveau géographique des sources “Indus Periphery“. Nos résultats montrent comment les origines ancestrales des Steppes sont liées génétiquement avec les populations d’Europe et du Sud d’Asie dans l’Age de Bronze, et identifie des populations qui plus que probablement sont responsables pour répandre les langues Indo-Européennes à travers la plupart de la région Eurasienne.
Voici une présentation des résultats de l’application K14 de GenePlaza et achetez la ici sur notre Appstore results on GenePlaza and Buy it after creating your account if you have your DNA or buy your DNA kit if you don’t have it yet.
Monsieur Khan est le scientifique qui a développé l’application K14. Voici son site internet: EurasianDNA.com
Quels sont les principes sur lesquels s’appuie l’application?
Cette application est dédiée à augmenter la compréhension des évolutions des différentes populations et cultures à travers les siècles. Pour faciliter cela, l’auteur, Monsieur Khan, emploie un arsenal d’outils, incluant les programmes tels que:
1- l’ “ADMIXTOOLS” du laboratoire Reich Lab: Qui permet d’analyser de manière formelle les génomes et le partages de gênes et de modéliser des exemples à partir de données ancestrales (qpDstat, qpAdm, f3, etc)
2- “PLINK”: Pour préparer et parcourir les données d’ADN
3- “BEAGLE”: Pour le phasage, l’imputation et l’analyse IBD
4- “ADMIXTURE”: Pour le regroupement des individus en classes basé sur des fréquences d’allèles partagées pour certains allèles dérivés.
Vous souhaitez lire plus sur le sujet?
Lisez l’article du Guardian en anglais: “Arrival of Beaker folk changed Britain forever, ancient DNA study shows”
Quelques sites parlant de nous:
Deux sites partageant les données et comparant les différents résultats obtenus: